Добрый день,

Имеются 2 мультипровайдера.
Один построен на кубе, второй построен на инфо-наборе данного куба с самим собой.
В первом случае все переменные для всех объектов присутствуют, а во втором случае, переменные для некоторых объектов, а именно Дебитор и Кредитор, отсутствуют. Для ограничения доступны перменные только из ссылочного признака, т.е. только из 0VENDOR и 0CUSTOMER.

Кто-нибудь знает как это исправить?

Когда вы создаете инфо-набор, то получаете структуру с новыми полями (внимательно посмотрите на их технические имена), в запросе для "новых" полей необходимо создавать новые переменные.
Исправить это можно загрузив данные в куб предварительно обработав Join средствами трансформации.