Добрый день!
Столкнулись с такой проблемой при печати приказов на отпуск:
если у сотрудника день отпуска из PA2001 берет значение из двух лимитов в PA2006 и делится не целочисленно,
например:
отпуск сотрудника берет лимиты из двух периодов:
День 19.02 попадает в два периода с 16.12.16 по 29.01.17 используется 0,33 дня,
а в период с 01.12.18 по 30.11.19 используется 0,67 дня,
приказ выглядит следующим образом

за период работы с 16 декабря 2016 по 29 января 2017
дни отпуска на 2 календарных дня
с 17 февраля 2020 по 19 февраля 2020

за период работы с 01 декабря 2018 по 30 ноября 2019
дни отпуска на 5 календарных дня
с 19 февраля 2020 по 24 февраля 2020

Нужно, чтобы дни отпуска были 3 и 5 соответственно, вместо 2 и 5,
и второй период отпуска начинался не с 19 февраля, а с 20

Подскажите, пожалуйста, существуют ли стандартные средства, чтобы настроить корректный вывод периодов отпуска и количества дней, не ломая программу HRUA_ORDER_T6?

Существует. Внутри ФМ вызываемых внутри HR*T6 есть масса USER-EXIT. Это не слом, это легальные расширения. Абаперы в Вашей системе смогут помочь