Столкнулся с такой проблемой: сотрудник был уволен и спустя 3 месяца был принят обратно, на новый табельный номер.

И, чтобы правильно рассчитать больничный по БиР, нужно объединить 2 табельных номера. Подскажите, пожалуйста, кто-нибудь сталкивался с такой проблемой?

Для того, чтобы посчитать больничный, объединять ТН не нужно. Достаточно внести уплаченные базы ФСС в ИТ0293 "Другие и предыд. работодатели (СНГ)". Проблема будет только если этот ТН потом уволиться, и нужно будет дать справку 182-н.

Объединить ТН нужно для того, что налоги правильно посчитать (например страховые взносы) и отчетность нормально сдать. Вот только нет такой операции в САП. Максимум, что можно сделать, это сцепить ТН.
Ситуация будет выглядеть чуть лучше, если у вас используется компонента СЕ. Тогда табельные все равно будет 2, но они хотя бы обрабатываться будут как одно физическое лицо.

У нас не используется компонента CE, только SE, тогда как быть?

Если вам нужны общие налоги и взносы, то самое простое - принять повторно на тот же табельный, использовав мероприятие повторного приема. Если его нет - придется его настроить

Если это невозможно по орг.причинам (хотя они должны быть весомыми, например, перевод в другое БЕ. Потому что иначе - куча проблем), то тут варианты:
1) Перебрасывать суммы с одного ТН на другой.
2) Реализовывать связь через 121 ИТ и допилить схему расчета.

Возможно, есть еще варианты, но все это не стандарт.

Возможно объединить 2 табельных номера в один, и какие инфо-типы при этом нужно будет переносить и в какой последовательности если был уже расчет.

Стандратной возможности нет. Список ИТ - нужно все анализировать, универсального подхода нет. Должна помочь программа RPLINFC0, покажет все ИТ по сотруднику.

Если расчет уже прошел по второму табельному, то все усложняется, особенно если уже проводки провели.
Брать тестовую систему, принимать повторно на первый табельный, повторять все изменения по документообороту, считать ЗП. Анализировать результаты расчета, в том числе через формирование отчетов по НДФЛ и СВ.

И тут уже принимать решение, что сломается если удастся повторить это в продуктиве.