Делаю настройку создания ОЗ кредитора из ОЗ сотрудника через транзакция PRAA (программа RPRAPA00). Возможно ли настроить так, чтобы программа выполнялась автоматически в определенное время (например, периодическое обновление данных в ночное время)?
Возможно ли сделать обновление данных без изменения банковских данных (так как подотчетнику денежные средства выдаются на корпоративную карту хотели прописать в ОЗ кредиторf реквизиты корпоративной карты, а не зарплатной, но при обновлении данные затираются)?

Да. Запланируйте фоновое задание, с вариантом запуска. SE38 -> Программа -> Фоновое выполнение

Как вариант можно попробовать в 9ИТ создать свой подтип, где и будет "корпоративная" карта, и этот подтип прописать в RPRAPA00.