Сотрудникам начислена ЗП, но выплатить надо за минусом премии. Премию когда-нибудь потом заплатят, не факт что в следующем месяце.

Как это правильно делается?
Особенно в 4.7 ?

Это же депонирование части заработной платы.
В стандартной поставке это не реализовано.
Имхо: т.к. депонированная зп все равно должна быть списана с 70 счета (удержана на 76 счет), то напрашивается одно из решений: вести сальдо депонированной зарплаты в отдельных видах оплат или передать в FI на кредиторов сотрудников и там уже производить учет.