Перевели человека из одной единицы расчета в другую в середине месяца.
В результате по одной ЕР все посчиталось хорошо, а в другую попали расчеты из обеих.
Я так понимаю здесь нарушили ограничение программы и так делать нельзя.
Но сейчас можно ли каким нибудь образом развести расчеты по ЕР. Ведь ошибка полезет в своды и проводки, а переделать мероприятие с начала нет никакой возможности.

По первой единице расчета у Вас не должен сформироваться /557 (/559) - если так, значит посчиталось хорошо. Во второй формируется - /557 с учетом в/о из двух расчетов.
Простейшее решение Убейте у сотрудника расчет, посчитайте его сначала в ЕР откуда уходит, а потом - в ЕР куда приходит.

Нужно запрещать программе пересчитывать "чужие" периоды, то есть ЕдРасчета-Для-Периода должна быть всегда равна ЕдРасчета-В-Период. Когда при таком обратном расчете перерасчета как такогового не возникает, все работает более-менеее правильно. Если же из другой ЕдРасчета тянется какой-то пересчет - возникают проблемы. Мало того, разные расчеты по разному реагируют на такую ситуацию.
Нужно иметь ввиду, что разница может возникнуть в следующих месяцах после перевода.

Делайте расчет по старой ЕдРасчета, потом ставьте ИндГлубину обратного расчета в ИТ0003 датой перевода и считайте по новой ЕдРасчета. Принципиальное ограничение такого метода - невозможно что-либо доначислить/удержать по старой ЕдРасчета начиная с месяца, после перевода.

Для первой строки в кластере, касающейся ЕР откуда был перевод ЕдРасчета-Для-Периода не равна ЕдРасчета-В-Период. Как прописать и туда и туда равные значения.

Допустим перевод в середине мая месяца из Е1 в Е2. Кроме того, пусть будет какой-то перрасчет за апрель. Считаем сначало в E1, потом в E2 без соблюдения каких-либо правил. В итоге в результатах расечта получаем такие расчеты

# Для период ЕдРасчета-Для ЕдРасчета-В
1 04.2009 E1 E1
2 05.2009 E1 E1
3 04.2009 E1 E2
4 05.2009 E1 E2
5 05.2009 E2 E2

Расчеты 3 и 4 тут лишнии. От них нужно избавить. Удалить только 3-4 неправильно, нужно удалять снизу все, то есть от 5 до 3. Удаляем. Заходим в ИТ0003 и ограничиваем глубину обратного расчета датой перевода. Заново считаем E2. В итоге получаем

# Для период ЕдРасчета-Для ЕдРасчета-В
1 04.2009 E1 E1
2 05.2009 E1 E1
6 05.2009 E2 E2

Установка глублины обратного расчета избавляет нас от подобных проблем и в следующих месяцах.

ЗЫ. При удалении естественно нужно думать о том, были ли сделаны перечисления, иначе само удаление добавить проблемы с перечислениями.