При изменении заявки на закупку, транзакция ME52N система выдает ошибку "Настройка ведется некорректно" № сообщения SE729.
С чем это может быть связано?

У вас это скорее всехо происходит с заявками с типом позицией Y. Было такое у нас со всеми документами закупки с типом позиции Y. Помогло решение из ноты 1382685

а мне не помогло ((

Не знаю, уже на 2-х разных системах мне помогало удаление через SM30 в T162V следующих записей:

RM11P-FIX_LTX 0 40
ESLL-TAXTARIFFCODE 0 50
RM11P-FIX_LTX 1 52
ESLL-TAXTARIFFCODE 1 53
RM11P-FIX_LTX 2 40
ESLL-TAXTARIFFCODE 2 50
RM11P-FIX_LTX 3 46
ESLL-TAXTARIFFCODE 3 56
RM11P-FIX_LTX 4 39
ESLL-TAXTARIFFCODE 4 50
RM11P-FIX_LTX 5 44
ESLL-TAXTARIFFCODE 5 54

Соглашусь с Abral, такое сообщение у меня возникало, когда была неправильно расширена структура экрана для услуг.

Нет у меня таких записей для вариантов. А ошибка есть (

ESLL-TAXTARIFFCODE 0 50 и т.д. для всех вариантов
тоже удалять?

Да я выбирал 2 поля, которые не будут использоваться и удалял из всех вариантов

Я много думаю о том, почему такая уважаемая компания как SAP AG набирает таких халтурщиков в разработчики своих апгрейдов.
Вот пример: Нота 1382685. Все MM-щики знакомы с ситуацией, когда вдруг периодически (точнее: после очередного апгрейда) транзакция ML81N при приёмке услуги к заказу на поставку начинает выдавать сообщение SE729 "Customizing Incorrectly maintained". Можно конечно его игнорировать, услугу принять можно всё равно. Но вдумайтесь: самое дорогое для нас: пользователь - будет каждый день читать это сообщение каждый раз принимая услуги и печалиться, что консультантам заплачено сполна, а они гады что-то там некорректно настроили. Так что искоренять проблему всё же надо. Итак читаем ноту 1382685. "You have recently made an upgrade" - изумительно! Великий SAP нам дружески подмигивает, типа "а мы то знаем, что вы только что проапгрейдились!" Ей-богу, только смайлика не хватает. Это вместо того, чтобы извиниться и написать "Простите нас ###аков и халтурщиков за то, что мы шлём вам кривые апгрейды и никак не способимся добавляя новые поля в таблицу T162V также добавить их и в экран SAPLMLSP/400" - собственно причина глюка. Итак, халтурщик № 1 не подумав добавляет поля и компилит нам кривой патч. Халтурщик № 2 написал расширение, где проверяет соответствует ли количество полей в таблице и экране (интересно зачем: ведь он не проверяет полного соответствия полей?) и потом выдаёт удивительно информативное сообщение "Customizing Incorrectly maintained" из которого конечно же каждому консультанту всё ясно. Третий халтурщик - их архитектор, который такие нестыковки позволяет.
А что же нота? Нота носит рекомендательный характер. Т.е. предлагает консультанту исправить проблему САМОМУ. Разумно: если писать патч, то вдруг патч поручат написать халтурщику №4! Не поленились даже скриншоты приложить, объясняющие как обнаружить, сколько полей в экране, как найти лишние в T162V и удалить их через SM31 (ну не мог же SAP пойти на такое кощунство, чтобы для настроечной таблицы сгенерировать настроечный ракурс!), ну спасибо огроменное, дорогой наш SAP... Этот процесс бесконечен: SAP будет добавлять в таблицы новые поля и выпускать ноты, как их удалять.