Работаю на складе по спецодежде столкнулся с такой проблемой,при поступлении СИЗ создаются все новые и новые партии прихода, в которых просто запутываешься. Как удалить ненужные пустые партии?

Пустые партии - это партии в которые было поступление, а затем запас был списан?
А где вы их(партии) видите пустые?

Архивируйте, тр-я SARA -> MM_SPSTOCK

Удалит пустые партии?

Да запас был списан,но выдача производилась в штуках а кол-во большое в каждой партии,какая то партия кончается какая то наполовину,и их накапливаться начинает очень много,сложно выбирать,частенько пустые попадаются)

Попробуйте настроить автоматический выбор партий, чтобы, например, выбиралась самая старая или самая новая партия.
Если автоматический выбор партий не подходит (выбор нужной партии необходимо осуществлять вручную по каким то признакам), можно разработать средство поиска для поля Партия, чтобы в списке значений выводились только партии с запасом (или даже с доступным запасом).
А так, да, чтобы удалить "пустые" партии нужно выполнять процесс архивации (тр. SARA). Как это делать поищите на форуме, где-то обсуждалось.