С одной БЕ1 был проведен отпуск товара на другую БЕ2 по исходящей поставке.
На БЕ2 был сделан приход migo по исходящей поставке.

После этого на БЕ1 сторнировали отпуск и удалили исходящую поставку.
В итоге товар завис на БЕ2, но и на БЕ1 тоже появился.

Как разрешить эту ситуацию ?

1. В стандарте сап не дает сторнировать ОМ к исходящей поставке, если к ней уже сделано поступление к другой БЕ (как минимум, будет выдано сообщение о нехватке запаса в пути). Важно разобраться, почему в вашей системе это стало возможно.
2. Что говорит MIGO при попытке сторнировать документ поступления к исходящей поставке?

Поток документов к исходящей поставке не может быть обновлен

Мы по похожей ситуации создавали снова исходящую поставку и в отладке ставили ей номер старой. увы...