Провели счет-фактуру для заказа на поставку, а при попытке провести сторнирование счет-фактуры, отобразилась ошибка:
Максимально число позиций в FI
№ сообщения F5727
Diagnosis
The maximum number of items for an FI document ('999') has been exceeded.
System Response
FI documents have a 3-digit item counter that limits the number of items permitted per document.
Procedure
If the documents with an excessive number of items come from another application area (e.g. sales, logistics, order accounting), you can configure the system to the effect that these documents are summarized in FI.

Нашел на форуме ноты решающие данную проблему:
1353827 - AC interface: Document split in FI for goods movements
1353125 - AC interface: Document split in FI for incoming invoices

НО почему выскочила эта ошибка мне непонятно, ведь счет-фактуру провели и позиций там всего лишь 442.
Более того данная счет-фактура была ранее проведена, затем сторнирована и еще раз проведена, но вот так получилось что приходиться еще раз сторнировать.

Может кто сталкивался с такой редкой, на мой взгляд, проблемой.

Речь идет о кол-ве позиций не документа счета, а бухгалтерского документа. Соответственно может быть ситуация, когда в промежутке между проводкой счета и его сторнированием что-то изменилось в системе в разрезе материалов данного счета в плане оценки (как пример - спиали какое-то количество и на счете запаса нет обходимой суммы) и это могло привести к каким-то, например, дополнительным проводкам по счетам ценовых отклонений, что непременно приводит к появлению дополнительных строк проводок в бух. документе. Можно попробовать выполнить сторнирование за два шага.

Попробуйте, ввести документ кредитового авизо со ссылкой на заказ на поставку и нажать кнопку Моделирование. Посмотрите, какие проводки будут моделироваться. Вероятно, для неrjторых позиций логистического документа счета будет формировать 3 строки бух. документа, т.е. по некоторым позициям будет отваливаться сумма на счет отклонений. В результате бух.док будет содержать более 999 позиций.
Вообще, ответ Rаmzes очень похож на правду.