Система 4.6C. Транзакция AS01. Вкладка "Присвоения". При попытки прописать "Интеграция Основоное средство - Единица оборудования" существующий материал с серийнным номером и единицей оборудование система не выводит предупреждений, проставляется в поле единица оборудования из справочника. Сохраняю изменения. Выхожу из транзакции. При просмотре через AS03 вижу что запись с единицей оборудования отсутствует.

А у Вас это поле случаем не Z?

Это Поле стандартное: RA02S-EQUNR (Номер единицы оборудования).