При запуске транзакции MIR4 (для просмотра созданного документа входящего счета) на экран выводится номер счета главной книги HKONT (заголовок, закладка "Подробно"). Пытаюсь найти в какой таблице хранится данное значение и не нахожу Подскажите пожалуйста каким образом и откуда заполняется данное поле.

Поле LFB1-AKONT - контрольный счет кредитора, можно просмотреть в освной записи кредитора, на которого проведен счет.

дело в том, что у нас настроено замещение контрольного счета кредитора в бухгалтерских документах... соответственно в фактуре проводка не всегда будет на контрольный счет кредитора может быть этот счет все-таки где-нибудь хранится в фактуре? или все-таки придется лезть в FI документы?

Ну тогда придется лезть в FI: bseg-hkont, вид счета - 'K'.