ВДв 501, MIGO, апотом сч-факт со ссылкой на накладную. Но накладная не создалась? Что-то недонастроено?

Вообще то стандарт работает после прихода 101 видом движения.
После 501 Вы только можете счёт-фактуру напрямую в FI только регистрировать, но получится никакой прямой ссылки между поступлением и фактурой не будет

А как же тогда сделать без заказа?

Совсем без заказа нельзя. Можно настроить автоматическое создание заказа к 101 виду движения. В документе материала в поле накладная указать внешний номер накладной и потом. При регистрации счёта-фактуры выбрать регистрацию счёта по накладной и указать там этот внешний номер накладной