К балансовой единице привязаны два завода, можно ли использовать
для каждого завода свою модификационную константу.

Конечно, определяешь каждому заводу отдельную группу (Тр.OMWD) и затем в OBYC используешь эту группу как модификационную константу. Ну и само собой модификационная константа оценки должна быть активна (Тр.OMWM)

Маленькое замечание. Модификационная константа оценки присваивается (в тр.OMWD) не заводу, а уровню оценки. То есть если уровень оценки завод, то можно использовать для каждого завода свою модификационную константу, а если уровень оценки балансовая единица, то нет.

Верное замечание. Просто таких случаев (БЕ-уровень оценки) мне кажется раз, два и обчелся.