Скажите, пожалуйста! Где в настройках определяется, что при создании заказа на поставку и заполнении данных контировки устанавливается счёт из BSX?

BSX - это счет запаса, если у вас заказ с контировкой, то он идет напрямую на затратный счет.

Этот случай имеет место, например, при закупе в запас проекта. В этом случае счет запаса (прописанный в BSX) выступает и как затратный счет, но прежде для этого счета запаса нужно создать (Тр.КА01) соответствующий вид затрат (тип вида затрат 90)