Вопрос следующий. Как оформляется внутренний заказ на услугу? Т. е. один отдел заказывает услуги у другого отдела. Как это реализуется в системе? Может у кого есть опыт, поделитесь пожалуйста.

Уважаемый,
а у вас как услуги одного подразделения хозспособом оказываются или имеет наличие перерасчет между подразделениями.
Тут же вопрос в чем на сколько принципиально разруливать кто кому должен.
А так первое что в голову приходит это
1. контролинговый заказ=отделу - и на него списывать какой-нить бесконечный материал = 1 рублю например (1 услуге).
2. Там если один отдел у другому что-нить ремонтирует - можете ввиде заводов сделать и покупать что-то с позицией давальческий материал - услугу по переработке/ремонту так же к примеру на заказ.
3. можете так же с заводами = отделами, делать например исходящие поставки без ссылки на заказ а позициями исходящих поставок будут пусть материалы-услуги или для себя где-нить запомнить что вот список клиентов - это вы сами и продавать самому себе

Думаю что найдется еще масса решений
Эти выше так вдруг родились пока я писал

Вообще-то вопрос чисто контроллинговый. Обычно это дело разруливается через виды работ (опять же контроллинговая категория). Отделы, скажем это МВЗ, услуги - это виды работ, планируем на МВЗ, проводим факт и т.д. и т.п. Так что проконсультируйтесь со своим СО-шником.