Подскажите есть ли возможность ограничить каким-то образом материал, чтобы его можно было закупать только на конкретный склад.

Запретить автоматическое создание склада при поступлении и ОЗМ расширить лишь на один склад.

Если речь идет о запрете на этапе создания документа закупки (например, заявка, заказ на поставку), то соответствующую проверку можно организовать в соответствующем экзите.