Можно ли регистрировать сч.ф. с двумя позициями, в одной из которых налог 10%, а другой 18%? Если да, то как. Либо это надо делать через сложную сч.ф.?

Можно, это стандарт, ничего особенного нет...
В каждой позиции указывает свой код налога и все...
Потом посмотри закладку "Налоги"