Активированы проекты. Делается заказ на поставку работ//услуг со ссылкой на сетевой график. Далее приемка по заказу, и фактурирование с дополнительным кредитованием. В результате кроме бухг.документов формируется контроллинговый документ на сумму отклонения. При сторнировании этого счета-фактуры контроллинговые документы не сторнируются. Как быть?

Вы же скорее всего фактуру и доп.кредитование проводите разными документами? Вот и сторнируйте их оба.

Нет, я делаю фактурирование в MIRO, просто в позиции заказа правлю сумму на фактическую. В результате формируется документ ММ, бухгалтерский и контроллинговый на отклонение от фактической стоимости заказа. При сторно в MR8M сторнируется бухгалтерский и счет-фактура, а контроллинговый теряется. Такого не происходит если не делать приемку (ML81N) по заказу на работу/услуги.
И еще все сторнируется нормально, если делать подобное с материаламиЮ в этом случае отклонение возникает на 10 счете, и сторно происходит как положено.

также сторнируйте (отмените) приемку - будет сформирован (в т.ч.)контроллинговый документ с учетом скорректированной при вводе счета-фактуры суммы. Кстати, если уж вам приемка особо не нужна (по бизнесу) - сделайте соответствующие настройки и юзайте схему: ЗаказНаПоставку -> Фактура (в этом случае корреспонденция будет между СчетомКредитора и ЗатратСчетом, т.е. без счета ПМ/ПСч - так многие делают)

Приемка нам нужна, если б ее не было, все было бы прекрасно.
Сейчас когда я отсторнировала приемку, она отсторнировалась на сумму, указанную в фактуре, в итоге получаем отклонение на 15 счете(услуги) и столько же в контроллинге. Хотелось бы этого избежать, не вручную же сторнировать оставшиеся документы.

сторнирование редко носит массовый характер, или у вас именно этот случай? Так поднапрягите абаперов.

хотелось бы чтоб не массовый, но вы же знаете клиентов - дай только посторнировать!!
Спасибо.