Если есть два 15 счета (обычный и для фрахта{транспорта})

(1) для чего в случае условия 'фрахт' задавать два счета FRE и FR1? Разве недостаточно только одного? И если одного, то какого - FRE или FR1 {мы же не хотим, чтобы эти затраты упали на 41 дважды?!}
[мне думается что все-таки FR1]

(2) когда будет выполняться MIRO по заказу на поставку с фрахтом - как система выяснит с какого 15 ей перебрасывать сумму на 60?

А почему бы вам сначал не попробовать все протестировать в системе, а потом спрашивать что не понятно?
Есть запланированные затраты на доставку, которые указываются в заказе в специальном виде условия. А есть незапланированные которые указываются в MIRO на уровне заголовка.
Продолжая ваши умозаключения почему бы нам не предположить что FRE и FR1 используются именно каждая для какой то из вышеперечисленных операций?
Кроме того в настройке контроля счетов также можно определить как будут проводится затраты на доставку, на отеьный счет или сразу на счет запасов.

незапланированные указанные в заголовке в отдельной закладке в MIRO затраты на доставку

FRE в России не исп. (согласно help'у).

а FR1 и FR3 исп. только при вводе с/ф со ссылкой на заказ на поставку и когда указываются запланированные затраты на доставку (причем, еще есть и позиции материала в с/ф).