Проводка формируется в кредит контрольного счета кредитора, указанного в его основной записи.
Как можно заменить этот счет(как правило 60-й) другим счетом главной книги?

У нас это реализовано через пользовательское расширение экрана "Подробно" полем "СчетГлКнигиДляБухДокумента". Затем, используя замещение счета, подменяем счет из основной записи счетом, введенным пользователем.

Как-то мне это не нравится.
Есть у кого другие решения?

Мы просто открыли это поле для изменения. теперь бухгалтера проводят, куда хотят...

Как открыли-то? SAP-овский экранчик cломали?