При запуске оборотки, многими пользователями одновременно, виснет система. Может кто знает, можно ли сделать оборотную ведомость в какой либо другой системе, а данные туда тянуть из R/3? может кто делал? Если делали с какими проблемами сталкивались?

Пользуйтесь инфо-системой логистики. Инфо-система не так сильно будет пожирать ресурсы системы.
Если пользователи работают в системе (делают проводки) блокируются те материалы по которым проводятся документы. Данные будут несколько некорректны. Собственно и с инфо-системой та же беда.
А вообще - то оборотка - дело ночное.

Для этого есть система отчетности которая называется BW (business warehouse), там все работает очень быстро ... .

пусть запускают оборотки в фоновом режиме...

А кто нибудь делал это в BW? Насколько я понимаю там можно будет запустить оборотку за прошлые периоды, а на данный момент она будет сформирована не корректно, т.к. данные из R/3 в BW грузятся раз в сутки.

Либо на BW, туда даже специальный контент и экстракторы есть:
в R/3 (тр. sbiw),
либо инфосистема, по месяцам + абап, т.к. сама по себе инфосистема делает иногда неправильные цены...