Версия 4.7. При создании заказа на поставку со ссылкой на заявку проверка открытого количества в заявке на происходит. Поэтому заказов можно создавать на количество большее, чем указано в заявке (ссылаясь на одну и ту же заявку). В версии 4.0b такая проверка была и я не мог сослаться на выполненную позицию заявки. Может кто подскажет как быть в версии 4.7. Спасибо!

В 4.6С уже такой проверки не было, в 5.0 аналогично.
Мы сделали свою проверку, использовали для этого:

BADI ME_PROCESS_PO_CUST / Метод CHECK

Помогла нота 705584 и добавление соответствующего сообщения в таблицу T160M через SPRO

Класс! В 5.0 эта нота уже реализована - просто не было соответствующей записи в T160M.

Можно ли данную проверку настроить для договоров (чтобы при создании договора со ссылкой на заявку закрывалось количество в заявке)?

Хорошо бы определиться что есть "открытое кол-во", может создание договора и не стоит понимать как закрытие части заявки.

Например у нас заяка считается закрытой даже не по заказу, а по поступлению материала на склад. (пришлось расширять доп. полем заявку).

Кстати с заполнением открытого кол-ва заявки в стандарте есть засада - процесс возврата материалов не уменьшает открытое кол-во, а увеличивает. Столкнулись с этим в процессе перемещения между БЕ на базе заказа на перемещение, созданого со сылкой на заявку. Подозреваю с поставкой от поставщика и последующим возвратом будет тоже самое.