Ну а так, например что-то вроде этого (допустим транзакцию для 561 ВД):

1. SE93 - создаем транз. MIGO_GR_561 копированием из MIGO_GR в пакете (классе разработки) MB.

2. SPRO-Управление материальными потоками-Управление запасами и инвентаризация-Параметры настройки для транзакций Enjoy-Параметры настройки для движений материала (MIGO)-Параметры настройки для операций и ссылочных документов:
- добавляем запись MIGO_GR_561 (копирование MIGO_GR)
- в ссылочных операциях оставляем активной только операцию A01-Поступления материалов, и для этой операции определяем только один ссылочный документ - R10-Прочие
- задаем вид движения - 561.

Правда деактивировать ссылоч.операцию А04-Просмотр в настройке навряд-ли получиться, но это можно сделать непосредственно в таб.MIGO_CUST_ACTION

3. Теперь запустив тр.MIGO_GR_561 мы увидим что для юзера доступно только ПМ-Прочие.

...
Вот ведь загвоздка, когда сделала все эти действия в настройке spro смотрю активно только "Поступление материалов" ссылочный документ "Прочие", но когда запускаю транзакции MIGO_GR_561, то вываливаеться весь список операций и ссылочных документов.
2 OlegDm можешь помочь, в чем могла допустить косяк.

Попробуй вообще удалить ненужные тебе записи в таблицах: MIGO_CUST_ACTION, MIGO_CUST_REFDOC (тогда уж я думаю точно должно быть все ок)