Такой вопрос уже обсуждался
http://sapboard.ru/forum/viewtopic.php?t=32517&highlight=%C1%C5

Здесь ситуация несколько иная:
Одна БЕ1 заключает договора на поставку материалов для другой БЕ2, сама рассчитывается с поставщиком , но поступление выполняется для второй БЕ2 и НДС остается на БЕ2 получателе,
При ПМ будут проводки: В БЕ2: Дб СчЗапаса - Кр Счет Пм/ПСч
2. При поступлении счета:
- В БЕ1: Дб ПерерасчСчМеждуБЕ - Кр СчКредитора
- В БЕ2: Дб Счет Пм/ПСч - Кр ПерерасчСчетМеждуБЕ (+ Дб СчетНДС)