При создании входящей фактуры нет возможности ее сохранить. При нажатии на кнопку "Моделирование" не возникает проводки по 60 счету, только проводка по 15 и 16 счетам. При просмотре "Сообщений" имеются сообщения:
По текущему периоду изменение цены материала 103979 > 25%
По прошлому периоду изменение цены материала 103979 > 25%
По прошлому году изменение цены материала 103979 > 25%

Я так понимаю что не настроен выбор счета для соответственных операций описанных выше.
Подскажите пожалуйста, что необходимо сделать, чтобы можно было осуществить проводку Входящий фактур.

Проверь, созданы ли финансовые ракурсы (на уровне БЕ) у кредитора. В частности, стоит ли контрольный счет.

Да, контсрольный счет стоит - 60010003.
Соответственно, если материалы указанные в сообщениях удалить, по которым появляются расхождения в цену между текущим годом и предыдущим, то фактуру можно сохранить.
Именно отсюда я и сделал вывод, что во первых в контроле фактур, это настройка не является что при таком контроле это ошибка! и второе - при таких ситуациях должны быть созданы какие-то хитрые проводки по счетам, которые не настроены в нашей системе. Я не прав?

Скорее всего в системе заданы tolerance limits в контроле счетов. Отруби их и все будет нормально.

А где эту настройку отключить ?

тр. OMR6.
У тебя наверное срабатывает код допуска VP. Поставль для БЕ и для валюты без проверки.