Прошу прощения за тупой вопрос - но никак не могу найти ответ

Можно ли поступление материала со ссылкой на заказ на поставку
положить сразу в запас проекта?

А в чем проблема при создании заказа на поставку указываешь контировку. Кажись подой дет P. В любом случае можешь создать свою, там просто в ней укажи нужный код особого запаса и определись с настройкой нужной проводки расхода.
И обычным 101 видом движения оно тебе туда и придет при поступлении

Вообще-то контировка Q ну если запас хочется видеть на СПП-элементе и действительно проблем не будет... проблемы будут потом

С этого места пожалуйста, поподробнее.

Какие могут быть проблемы?

Ну в 4.6С меня напрягают две проблемы, точнее три

1. Нельзя списать на с запаса проекта на карточку ОС
2. При движение из запаса проекта в обычный запас при цене V, иногда эта сволочь не проводит документ дооценки и как следствие на счетах отклонений зависают суммы.
3. Если материалы приходуются сразу только в запас проекта и без запаса не не существуют, то нет записи в таблице MBEW и при создании резервирования оно ругается типа не найдена запись оценки материала... пришлось клепать типа фиктивное +1 и -1 штука без проекта, при заведнии нового материала на заводе.