Что-то вы похоже не совсем понимаете как работает выбор счета.
Например, в вашем случае - когда осуществлется проводка-переноса материал/партия - материал/партия, причем партии с раздельной оценкой.
Вот немного хелпа:
http://help.sap.com/saphelp_470/helpdat ... ameset.htm
В выборе счета одну из главных ролей играет не вид материала (он тут вообще не при чем), а класс оценки (КО) который присвоен соответствующему материалу. В случае с раздельной оценкой партий, можно присвоить разные КО разным партиям - как результат, при проводках в запас разных партий одного и того же материала будут работать разные счета запасов.
Т.е. в вашем случае:
1. Вы создали "транзитный материал" и партию (которой присвоен КО, а соответственно и счет запаса "Материал") и сделали проводку-переноса в эту партию с другого материала.
2. Изменили вид материала и сделали обратную проводку.
Но вы же сделали обратную проводку из партии, КО которой остался неизменным. Само собой все и отработало так как вы и описали.