Столкнулись с тем, что при регистрации входящего счёта на закладке "Основной счёт" не работает средство поиска: Оно вызывается, выдаёт счета по заданным критериям, но после выбора нужного счёта он не появляется в экранной форме.
С чем это может быть связано?

попробуйте набрать номер счета вручную, не очищается поле?

Сколько сталкивался на проектах, эту часть МИРО(со счетами) постоянно расширяют, дополняют, изменяют, а иногда и ломают.
Если работало и сейчас перестало, смотрите в сторону экзитов/бади и последних вмешательств абаперов.

Если в поле что-нибуть ввести, а потом выбрать из справочника, то введённое значение заменяется выбранным.

Давно ли сломалось неизвестно, пользователи недавно пожаловались.

отладчик поможет, я думаю
еще посмотрите само средство поиска (в SE80), правильно ли оно настроено