Устроился стажером в ММ, и теперь не знаю с чего начать обучение то ли по инструкциям пользователей, то ли структуру заказчика изучать.
Подскажите, пожалуйста, как можно эффективно построит обучение, чтоб понять структуру основных проводок, с каких таблиц тянутся основные данные,
Есть ли у кого книги или руководства? Заранее благодарен.

Если есть время можно курсы по ММ почитать: SCM500, 510, 515 ну и другие..
Если его нет, то изучать заказчика

Постарайтесь найти себе наставника в компании, куда устроились. По моему опыту это самый эффективный путь. Сразу просите его давать практические задания.
Ну и кроме того, обязательны к почтению курсы по ММ, начиная с базовых. Причем читать обычно приходится несколько раз - прочитал, набрался опыта, прочитал еще раз.

Посмотрите здесь - http://www.sapboard.ru/forum/viewtopic. ... =тот-кого-нельзя-называть

0. Английский язык. Без него очень сложно.

1. Читать курсы (только не нарушайте правила форума - п. 1.5. - все вопросы про курсы в соответствующей теме) и сразу работать в системе. Теория без практики ничего не даст.

2. Начать решать производственные задачи (чем раньше начнете приносить пользу - тем лучше). Не бойтесь спрашивать у более опытных сотрудников. Только не задавайте вопросы на форуме, не воспользовавшись перед этим поиском (то есть опять же, не нарушайте правила, п. 1.8.)

3. Как совершенно правильно посоветовал LKU - найти наставника, или человека, у которого можно спросить по текущим вопросам в системе. То есть того, кто знает, как делать то, чему вы только учитесь. И работать с системой, побольше.