Получилось-таки, причем красиво.
Учитываем материал в штуках, присваиваем ему класс с признаком, где ведется пересчет.
На закладке ЕИ доли/продукта указываем:
Использов. ЕИ = "В" (ЕИ продукта), забиваем плановый пересчет, вводим единицу измерения Т и поднимаем галочку ВЕИ (Ведущая ЕИ для партии).
Всё.
Создаем заказ в тоннах и цену в тоннах.
При приходе по нему в MIGO открыты оба поля (Количество в ЕИ ввода и Количество в СЕИ).
Вводим их оба (т.е. в штуках по факту и тонны из накладной или с весов), и тогда автоматически рассчитывается коэффициент пересчета в признаке партии.
Чтобы дало провести нужно сообщение XU040 поставить в "W" или вообще в " " (типа ругается, что рассчитанный коэффициент округлен).
В результате на запас примутся штуки, а в контроле счетов будет считаться, что все пришло в тоннах и отклонений нет.
Красота

P.S.: Самое удивительное здесь, как мне кажется, что количество материала на запасе учитывается из одного поля, а стоимость рассчитывается из другого.