При изменение фактической закупочной цены в заказе(me22n) - меняется стандартная цена оценки материала(MBEW-STPRS). Перерыл все юзер/customer-екзиты - ничего подобного не нашел. Может ли так отрабатывать стандарт? и из-за чего? какие настройки могут на это влиять?

Очень странно. Не должна так система отрабатывать. А как она у вас меняется? Пересчитывается как среднескользящая?