Добрый день,
необходимо для старого вида материала вести тип оценки. Возникает вопрос, а как потом присвоить все старые запасы виду оценки, когда будет работать эта настройка?

Если есть на ОЗМ запасы то вам не удасться поменять тип оценки данной конкретной ОЗМ

Abral прав. Как правило в подобных случаях создают новую ОЗМ и перекидывают запасы в нужный вид оценки.

Также предлагаю, как вариант, убрать запас на какой-небудь перерасчетный счет поменять что надо, а потом вернуть с перерасчетного счета.
ИМХО