При выборе материала для заявок не видно, помечен материална удаление или нет. Скажите, пожалуйста, в каком ракурсе это можно увидеть? Можноли сделать так, чтобы можно было увидеть метку на удаление?

Когда вы выбираете материал, помеченный на удаление, у вас система ругается... И не дает включить этот материал в заявку!
Может у вас тип этого сообщения изменен и вы не обращаете на него внимания?

Создайте свое средство поиска (и юзайте его в дальнейшем), которое будет выбирать только те материалы у которых отсутствует метка удаления.