Вот если так удастся сделать, то это тоже вариант. Потому что тогда ПМ еще не будет, значит и отклонений не будет. А после этого уже можно делать ПМ - они тогда сразу пойдут по цене из фактуры, а не из заказа на поставку.
Тут, правда, другая проблема может появиться, если по одной позиции заказа на поставку будет несколько счето-фактур с разными ценами. В этом случае система будет делать последующий ПМ по средней цене из всех полученных фактур. Да и возвраты могут пойти не совсем по той цене, по которой был ПМ.
В общем, появляется другое организационное ограничение - сначала ввести все ПС по позиции, а потом все ПМ; либо вариант - на каждую позицию заказа на поставку - не больше одного ПС, который вводится до ПМ.

И еще к вам вопрос: откуда возникают отклонения в цене в фактуре поставщика?
По идее вы договорились с поставщиком об определенной цене. Вы забираете материал со склада - и он уже ваша собственность. В этот момент вы уже должны знать, сколько он реально стоит, иначе как вы определите стоимость этой вашей собственности. Ну вот, тот кто знает, пусть и поменяет цену в заказе на поставку на реальную, по ней и делайте ПМ, они тогда по цене от ПС отличаться не будут. В фактурах поставщика, я так понимаю, затрат на доставку нет, раз у вас самовывоз.
Если же будут счета на затраты на доставку от других организаций, их можно ввести доп.дебетованием уже после того, как все количество до вас доехало (все ПМ введены). Тогда, вроде бы не должно быть такого перекоса, и отклонение правильно разнесется между запасом и 16 счетом.

Дело в том, что закупка идет через посредника, который является типа "своим" предприятием внутри холдинга. Этот посредник делает "накрутку", и цены с этим посредником могут согласовываться очень и очень долго. А поставщик будет поставлять по своим ценам. Поэтому когда приходит фактура в ней могут быть практические любые отклонения. Кроме того, она может быть по нескольким поставкам, поэтому и возникает исходный вопрос ...

Тут дело в том, что необходимо отразить задолженность поставщику, а не сам факт материала в пути. Материал может ехать больше месяца, а поставщик не отправит следующую партию, пока по предыдущей не пройдет платеж. А платеж делается к фактуре... Поэтому и получается, что материал еще не поступил, а фактуру весить уже надо.
Кстати, по законодательству есть какие-то сроки (точно не помню) по отражению задолженности по выставленным счетам-фактурам от поставщика, так что больше месяца это тянуться не может.

А что мешает вводить требование авансового платежа со ссылкой на заказ на поставку?
Ввел ТАП, затем проплатил.В итоге получаешь от поставщика согласованный счет фактуру (бумажный, или инвойс) и можешь его предварительно регистрировать. Делаешь поступление по поставке. Цена из заказ по идее должна соответствовать цене из инвойса. Потом фактурируешь. Все доп. затраты проводишь дополнительным дебетованием.

Так я ж говорю: по законодательству есть какие-то сроки (точно не помню) по отражению задолженности по выставленным счетам-фактурам от поставщика, так что больше месяца это тянуться не может. Или я что-то не допонимаю?

тут уже мысль эта была - делайте тогда ПМ в блокированный при ПМ запас (103 ВД), а когда все выяснится - деблокируйте (105 ВД). Тогда при проводке фактуры никаких отклонений не будет, а при деблокировании материала из блокированного запаса он оценится по фактурной цене.