Подобная тема обсуждалась не раз:
http://sapboard.ru/forum/viewtopic.php?t=18944
Ну а вообще, у вас довольно простая ситуация: есть материалы которые расходуются в производство, и есть материалы которые продаются.
Так что, чтобы реализовать это можно воспользоваться чем угодно (все зависит от вас и ваших потребностей), т.е. как уже было сказано выше:
1. Отдельный (виртуальный) завод/склад.
2. Отдельные партии или может быть виды оценки (Прозводство и Продажа)
3. Можно и в особый запас положить (причем не обязательно это должен быть запас клиента).
4. Есть еще запасы на контроле качества и блокированный (которые тоже ограничивают использование материалов)