Здравствуйте!

Пример: поставщик отгрузил 3 позиции товара - мы создали входящую поставку с 3 позициями. Этот груз следует до перевалочного пункта автотранспортом и перегружается. В итоге 2 позиции едут далее ЖД (они заполнили весь контейнер), а одна позиция находится на перевалочном пункте (дожидается еще груз для заполнения контейнера).
Т.о. получается, что в транспортировку следует включать не всю номенклатуру входящей поставки, а только некоторые позиции.
Т.е. в первую транспортировку (предварительный этап до перевалочного пункта) включаем все позиции поставки. В следующую транспортировку (основной этап) включаем только 1-я и 2-я позиции поставки. 3-я позиция будет включена в другую транспортировку с позициями иной поставки.

Но я не нашел возможности включать в транспортировку отдельные позиции, только поставку целиком. Как подобные задачи можно решить?

В транспортировку входят поставки целиком, плясать придется от этого.

Для исходящей поставки есть такой инструмент - разделение исходящей поставик (VLSP). То есть мы можем выделить несколько позиций поставки, система их из этой поставки удалит и сделает новую поставку с этими позициями. Для входящих поставок такого в стандарте вроде нет, но можно либо делать вручную (удалили позицию 3 из входящей поставки и создали новую входящую поставку), либо написать на абапе аналог vlsp для входящих поставок. Это был вариант 1.
Вариант 2 - завести перевалочный пункт как завод. Цепочка документов удлинится на еще один заказ на перемещение и исходящую-входящую поставку. Зато вы сможете точно отразить процесс перегрузки товара из одного вида транспорта в другой.