Если у Вас только на счетах НУ построен, тогда конечно грусть такая ситуация. Как вариант - можно назначить какое-то поле в качестве "делителя" - НУ/не-НУ, заполнять его в OpenFI при проводке документа материала и на его осоновании разбирать по элементам в иерархии, но это тоже костыльное решение, ибо малейшая проблема в интерфейсе и все посыпалось, а они там случаются (экспресс сообщения, к примеру).
Прицепить к реальному - есть у вас поля в интерфейсе, которые 100% всегда переносятся, счет ГК например, вот залезаете в этот перенос экзитом и ищете склад, в зависимости от склада откидываете на нужный ЭНУ. Если нужно прям склад как отдельное поле, прописываете его в группе таблиц, обновляете кодирование, чтобы поле в GLU1 появилось и опять же через перенос полей - отправитель счет, получатель склад, посередине экзит, который склад из позиции достает. Так делать конечно некрасиво, но технически это возможно.
Есть еще третий вариант - в момент проводки все кладете на один ЭНУ-0 условно "Спецодежда", а в конце периода проходите его сведением, где экзит по номеру БУ документа ходит за ММ исходником, смотрит там склад и в зависимости от него перекладывает на ЭНУ-1 "Больше года" или ЭНУ-2 "Меньше года". В таком варианте связь с исходным БУ документом теряется (если дополнительно номер сылочного документа не перекладывать, конечно), но это самый надежный в техническом плане вариант, поскольку Вы не зависите от состояния среды в момент проводки первичного документа и закладывания его в спецрегистры, а она даже без манипуляций с полями оставляет желать - SL стабильно теряет до 1% документов на переносе, там даже специальная транзака есть, которую надо запускать перед закрытием, чтобы она собрала всех потеряшек и пульнула по ним GCU*.