Собственно это и есть вопрос. Можно ли изменить позиции документа при передаче данных в FI? На стороне FI вроде бы ничего хорошего нет(замещения не проходят, нужен доступ ко всем позициям).

Аналогичное обсуждение в ветке HR сделал http://www.sapboard.ru/forum/viewtopic.php?f=11&t=49164

Думаю можно попробовать BADI_SD_ACCOUNTING, хотя не уверен, т.к. это при деблокировании фактуры возникает.
Вообще при деблокировании документа в FI осуществлять доработку как бы не положено.

CO-шные замещения работают. Завязываться надо на систему-отправитель, и там уже рулить.